聯(lián)合基金Ⅱ期協(xié)議是在Ⅰ期（2009—2011年）協(xié)議執(zhí)行情況良好的基礎(chǔ)上續(xù)簽的。聯(lián)合基金Ⅰ期總量為1.2億元，依托北京正負(fù)電子對(duì)撞機(jī)、蘭州重離子加速器及冷卻儲(chǔ)存環(huán)裝置、合肥同步輻射裝置、上海同步輻射光源4個(gè)裝置，面向全國(guó)受理申請(qǐng)。
當(dāng)天簽署的聯(lián)合基金Ⅱ期（2012—2014年）協(xié)議將基金總量增至1.8億元，目的是引導(dǎo)全國(guó)科研人員將自己的研究工作與我國(guó)的大科學(xué)裝置密切結(jié)合，充分發(fā)揮大科學(xué)裝置的科研支撐能力。一方面提升科學(xué)家的研究水平和創(chuàng)新能力，培養(yǎng)一批依托大科學(xué)裝置開展工作的研究隊(duì)伍；另一方面不斷更新和補(bǔ)充大科學(xué)裝置實(shí)驗(yàn)終端的實(shí)驗(yàn)?zāi)芰Γ掷m(xù)增強(qiáng)其多學(xué)科研究支撐能力；鹚劳械拇罂茖W(xué)裝置在Ⅰ期4個(gè)大裝置的基礎(chǔ)上新增加了穩(wěn)態(tài)強(qiáng)磁場(chǎng)裝置。
協(xié)議規(guī)定，聯(lián)合基金Ⅱ期主要支持研究?jī)?nèi)容包括：物質(zhì)科學(xué)前沿領(lǐng)域的科學(xué)問題（物理、化學(xué)、材料）；信息領(lǐng)域的科學(xué)問題；生命領(lǐng)域的科學(xué)問題（包括生物物理與醫(yī)學(xué)）；環(huán)境和資源領(lǐng)域科學(xué)問題；學(xué)科交叉的科學(xué)問題等。
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